В версии NetWare 4.1 появились, наконец, средства для удаления, перемещения и переименования ветвей дерева NDS. Это повышает гибкость системы, поскольку вовсе не обязательно строить дерево в окончательном виде с первой попытки.
Несколько деревьев можно объединить в одно с помощью утилиты DSMerge. Раньше приходилось проектировать дерево NDS в масштабах всего предприятия, что для большинства организаций было очень неудобно. Сегодня каждый отдел предприятия может самостоятельно строить свои деревья, чтобы позднее слить их в единое дерево NDS.